蚩尤被黄帝擒获，并被应龙杀于凶黎之谷（或曰中冀绝辔之野），“迁其民之善者于邹鲁之地，迁恶者于有北之乡”（《拾遗记》），把那些顺服的九黎部落安置在比较好的地方，把那些顽抗的九黎部落迁徙到北方寒冷荒凉的不毛之地。蚩尤部落还有一部分不愿接受黄帝的就南下，越过长江，流散在南方，其主体成为后来苗蛮集团的组成部分。

    黄帝战胜蚩尤后，成为炎黄部落与九黎部族的共主，扩大了部落联盟的范围，为华夏文化共同体的形成奠定了基础。黄帝与蚩尤之战的这一后果，得到了考古学的印证。一般认为大汶口文化——典型的龙山文化是东夷集团先民的遗存。这个地区在新石器时代孕育了相当稳定而生气勃勃的史前人群，在大约距今6000—5000年前获得了迅速发展，作为社会经济基础的原始农业、家畜饲养有了长足的进步；各种手工业，无论是石器还是骨角牙器制作，都逐渐超过了中原同期的水平。制陶工艺更居于黄河流域各地区的前列，逐渐达到中华史前制陶业的高峰。到了距今4500年前，精美的白陶袋足器和蛋壳黑陶杯已作为礼器出现，指示出社会结构的新变化（高广仁：《中华文明发祥地之一——海岱历史文化区》，《史前研究》，1984年第1期）。上述史实说明距今5000年前，炎黄部落联盟形成之时，东夷部落联盟雏形也已形成，有81个氏族的九黎诸部在蚩尤的率领下，西向进入炎黄部落联盟区域，引发了涿鹿之战。东夷部落联盟曾迫使榆罔节节败退，连黄帝也是费了相当大的努力才最终战胜了蚩尤。

    战争之后，两大部落联盟开始走向更大范围的融合。这虽然没有直接的史料可凭，但从史籍的片言只语中也可以看出一些端倪。如《管子·地数篇》说：“蚩尤为黄帝造兵器”。《管子·五行篇》说，黄帝得六相蚩尤为其一。《韩非子·十过》说：“昔者黄帝合鬼神于泰山之上，驾象车而六蛟龙，毕方并辖，蚩尤居前，风伯进扫，雨师洒道，虎狼在前，鬼神在后，腾蛇伏地，凤凰覆上，大合鬼神，作为清角。”这里的“蚩尤”显然不是与炎黄战斗的蚩尤，而应该是黄帝战胜蚩尤后服从了黄帝的“蚩尤部落成员”，风伯雨师是曾与蚩尤一起与黄帝作战的氏族，而现在都为黄帝服务了。说明战争结束以后，东夷部落联盟和炎黄部落联盟加速融合起来，并以黄帝为其首领。

    黄河中下游古代族群的这种融合，也得到了体质人类学的印证。如研究者认为公元前5000—公元前4000年，生活在黄河中游的仰韶文化居民可能与传说中的炎黄部落联盟有关，黄河下游今山东、苏北一带的大汶口文化的居民可能与东夷部落联盟有关（韩康信等：《古代中国人种成分研究》，《考古学报》，1984年第2期）。进入公元前3000年以后，黄河流域的仰韶文化和大汶口文化逐渐被龙山文化取代，作为从仰韶文化向龙山文化过渡的庙底沟二期文化居民，“体质特征与现代的远东人种较为接近”，“和仰韶文化和大汶口文化各组人骨之间，在体质上显然存在更为密切的关系”（韩康信等：《陕西庙底沟二期文化墓葬人骨的研究》，《考古学报》，1979年第2期）。所以，研究者指出，由于庙底沟二期文化居民的形态特征，“呈现出与仰韶文化和大汶口文化两者均有不同程度的接近关系，这种现象很可能是由于黄河中下游两个部族集团成员相融合而引起体质上的变化”（高广仁：《山东史前考古的几个新课题》，《中国考古学论丛》，科学出版社，1985年）。