三、从书院看儒家与民间宗教对地方文化主导权的争夺
除佛道二教之外，各地民间流传的一些祀神乃至异端邪说也常常产生很大影响，在地方文化格局中占据一定地位，甚至在短时期内还有可能成为特定地域内的主导文化。在这种情况下，书院的建立，就成为儒家争夺对当地文化的主导权、确立儒家文化主流地位的手段。这类情形，在书院发展史上屡见不鲜。
如明正德年间，四川邛州“有威显庙者亦曰土主，邛人以五月一日为神诞辰，而相率文身礼庙，至有试皮肤于刀剑、费田宅于牲牢、杂男女于玩戏者，耗财蠹俗，习为故事”。到正德十三年（公元1518年）九月，巡按御史卢雍与邛州知州吴祥“委去神像，改前殿为了翁祠”，建鹤山书院，“使邛人讲肆其中”。当时学者杨廷仪作《鹤山书院碑记》称：“淫祠者，二家之羽翼也。无淫祠则二家之羽翼息矣。……书院之设，经正之先务，诸君子可谓有功于圣门也。” 所谓有功于圣门，即维护了儒家文化的主导地位。
又如清雍正年间，广东潮阳“有林妙贵、胡阿秋之孽，以后天教流毒远近，历历多年，所招诱四方无赖，为徒数百人。驾言能事符治病，为人求嗣，又能使寡妇夜见其夫，以故城村风动，澄、揭、惠、丰之人无不笃信其术，重研而至”。在平息这一组织后，知县蓝鼎元“谓教化不兴，使吾民泯泯棼棼之以至于此，实官斯土者之咎。今群邪灭息，醉梦初醒，此风俗还淳、人心返正、君子道长之一大机，不可不明先王之道以道之也。”于是创棉阳书院，“以为阖邑人士读书讲学之所”。“自书院既建之后，邪说息，诐行消，人心正，风移俗易，礼乐可兴。” 又如广西奉议（今田阳），“一边隅小州耳，唐为西原蛮”“元明而后，屡遭兵燹，家室流离”。清光绪年间，“州之冻暮洲玉皇阁麕聚男妇百数十人，湔染邪教，日习经咒，蹈白莲之故智，甚有女子终身斋素，誓不适人者”。主流的儒家文化面临着“邪教”的挑战。到光绪十四年（公元1888年），知州李霑春改冻暮洲玉皇阁为崇正书院。这一举措，捍卫儒家文化、防止邪教蔓延的意图十分明显：“今日异端之学支离怪诞，邪行诐辞，浸淫边鄙，若不力为挽回，将世衰俗弊，人心浇漓，日陷溺于狂澜而靡所底止，俾斯民仍不得安于畎亩衣食，以同被圣人之化。” 在李霑春看来，儒家正学与邪教此消彼长，互为进退，只有崇正学而息邪说，才能换回危局，消除影响。显然，正是崇正书院的设立，使当地邪说猖獗的状况得以改变，儒家文化的主导地位得以确立。
值得一提的是，在儒家学者建立书院从而与佛道及民间宗教争夺对地方文化主导权的过程中，儒家虽然总是取得了最终的胜利，确立了自身的主导地位，但许多佛、道及民间宗教的东西也往往会渗透到书院文化之中。这一点，从书院对文昌帝君与魁星、关帝、后土神的祭祀活动可以略见一斑。
自宋代后期，就有一些书院建魁星楼、文昌阁等，祭祀号称能主宰文章兴衰的文昌帝君和“掌人间禄秩，司科甲权衡”的魁星。到书院发展后期，对文昌帝君与魁星的祭祀已成为各地不同类型书院中比较普遍的情况。一些影响较大的书院如岳麓书院 、广东应元书院 ，都建有魁星楼、文昌阁。清代学者戴钧衡曾批判当时书院的这类现象说：“世欲多崇祀文昌、魁星，建阁居像，岁时敬礼，以谓主文章科名之事。昔之通儒已辨其谬，昭昭然不可诬矣。” 可见当时书院祀文昌帝君、魁星的现象由来已久，且相当普遍。
关帝、后土神等也是一些书院的祭祀对象。如福建诗山书院在清光绪年间祠关帝与后土神。 白鹿洞书院在明代新辟石洞之时，祀后土神。 在康熙初年，则建关帝祠、庐岳祠分别祭祀关帝、庐岳神。 岳麓书院在嘉庆二十五年（公元1820年）一度改六君子堂为岳神庙。 清代汉口紫阳书院曾祀后土神。 清代广东肇庆端溪书院也曾经建福德祠以供祀土地神。
上述情形，反映了同一地域中不同文化形态之间的相互融合与渗透。实际上，也正是由于这种相互融合与渗透，使得地域文化格局不完全是简单的此进彼推，互为消长，而是呈现出更为错综复杂的状态。
